串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布

河南农业科学 ›› 2018, Vol. 47 ›› Issue (7): 33-42.

串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布

赵志新¹，李春鑫²，李雨娇¹

（1.商洛学院生物医药与食品工程学院，陕西商洛 726000； 2.河南省农业科学院小麦研究所分子育种研究室，河南郑州 450002）

收稿日期:2018-01-11 出版日期:2018-07-15 发布日期:2018-07-15
作者简介:赵志新(1982-)，男，河南滑县人，讲师，博士，主要从事药用植物转录组代谢及基因组进化研究。E-mail:zxzhao@slxy.edu.cn
基金资助:
商洛学院科研基金项目(14SKY028)

Received:2018-01-11 Published:2018-07-15 Online:2018-07-15

摘要/Abstract

摘要： 以高粱全基因组及基因中不同结构区域为研究对象，从Phytozome数据库中下载高粱基因组数据及基因注解数据，利用重复序列分析工具（Phobos v3.3.12），检测串联重复序列在不同区域的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况。结果表明，在高粱基因组中5′UTR、UI200、UI500中重复序列密度较高，分别为25 655 bp/Mb、16 761 bp/Mb、10 718 bp/Mb，其余区域密度差别不大，约为6 000 bp/Mb。在基因内及基因间区域中，重复序列模体主要为二碱基和三碱基重复，占到总密度的30%以上；特别在基因编码区（CDS），重复序列模体主要为3的倍数（如三碱基、六碱基等）。并且串联重复序列在基因组中并非随机分布，在基因间隔区，串联重复序列的分布明显靠近基因，这样的分布特征可能与其基因转录调控有关；在内含子（Intron）区域，更多的重复序列分布偏向于内含子两端，这可能与内含子剪切有关。

关键词: 高粱, 基因组, 串联重复序列, 密度, 分布

赵志新，李春鑫，李雨娇. 串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布[J]. 河南农业科学, 2018, 47(7): 33-42.

[1]	吴民华, 吴子健, 叶晓霞, 谭靖怡, 王燊, 黄琼林. 鸡矢藤叶绿体基因组分析[J]. 河南农业科学, 2024, 53(1): 70-77.
[2]	鲁晓民, 郭书磊, 张新, 魏良明, 张前进, 曹丽茹, 刘海静, 邓亚洲, 张震, 王振华. 不同密度下玉米茎秆抗倒伏相关性状的产量构成分析[J]. 河南农业科学, 2023, 52(9): 44-55.
[3]	崔承齐, 刘艳阳, 杜振伟, 武轲, 江晓林, 郑永战, 梅鸿献. 基于高密度遗传图谱的芝麻籽粒品质相关性状QTL 定位[J]. 河南农业科学, 2023, 52(9): 66-77.
[4]	徐丽娜, 安治良, 陈士林, 张怀胜, 进茜宁, 王平喜. 种植密度对玉米茎秆强度和穗部性状的影响[J]. 河南农业科学, 2023, 52(8): 11-17.
[5]	陈家鼎, 何蓉, 肖庆礼, 袁明, 谭奇忠, 彭奎, 魏硕, 李生春. 温度和含水率对烟叶热物理特性的影响及其预测模型建立[J]. 河南农业科学, 2023, 52(6): 172-180.
[6]	吴国江, 周伟, 余忠浩, 李岩, 吕静波, 王振国, 周亚星. 基于主成分、灰色关联和DTOPSIS 分析的176份糯高粱种质资源综合评价[J]. 河南农业科学, 2023, 52(5): 40-51.
[7]	陈艳, 吴健, 马海彬, 杨丽, 刘迎雪, 李成玉, 刘天学, 李潮海, 赵亚丽. 不同栽培模式对夏玉米产量和资源利用效率的影响[J]. 河南农业科学, 2023, 52(3): 36-47.
[8]	王付华, 李锐, 张骐飞, 马梦娟, 付景, 杨文博, 王生轩, 王越涛, 白涛, 尹海庆, 王亚. 耐直播粳稻种质资源筛选及其适宜种植密度研究[J]. 河南农业科学, 2023, 52(12): 31-41.
[9]	杨金初, 童治军, 李萌, 赵旭, 徐永明, 冯颖杰, 杨宗灿, 曲鹏, 李悦, 孙九喆, 张轲. 基于SNP 标记的4 个品种复烤烟叶鉴别研究[J]. 河南农业科学, 2023, 52(11): 174-180.
[10]	王会伟, 朱世新, 张新友, 王艳, 杨铁钢, 张向歌, 王树峰, 李春鑫. 油莎豆基因组大小、倍性和系统发育分析[J]. 河南农业科学, 2023, 52(1): 34-41.
[11]	梁栋, 刘光亮, 石屹, 王树声, 王程栋, 王晓琳. 油菜素内酯对烟草幼苗根系构型的影响及调控机制[J]. 河南农业科学, 2022, 51(8): 37-44.
[12]	张书萍, 赵海岩, 刘晶, 张洋, 王大为, 肖万欣 . 氮密互作对春玉米光合性能和产量的影响[J]. 河南农业科学, 2022, 51(5): 23-33.
[13]	宋宇. 稻蟹共生系统根际土壤菌群组成及主要代谢通路分析[J]. 河南农业科学, 2022, 51(3): 73-83.
[14]	李春鑫, 赵明忠, 韩留鹏, 高崇, 李正玲, 王艳, 昝香存, 胡琳. 黄淮麦区41 个小麦品种（系）品质相关基因的分子检测[J]. 河南农业科学, 2022, 51(2): 18-27.
[15]	桑世飞, 王亚男, 王君怡, 曹梦雨, 孙晓涵, 姬生栋. 9 个抗稻瘟病基因在291 份水稻种质资源中的分布及组合特征[J]. 河南农业科学, 2022, 51(12): 19-27.

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