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玉米GATA基因家族的全基因组鉴定及热胁迫下的表达分析
- 王延召, 周波, 韩小花, 黄保, 鲁晓民, 程军玲, 王淑凤, 聂利红
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2020, 49(11):
19-25.
DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.11.003
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摘要
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计量指标
利用生物信息学方法对玉米基因组中的GATA基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、保守基序进行分析,并分析其在热胁迫前后的表达水平变化,以期为玉米GATA 基因功能研究奠定基础。结果表明,在玉米基因组中共鉴定到37个GATA基因,它们不均匀地分布在10条染色体上,均含有CX2CX18CX2C保守基序;进化树分析表明,玉米GATA基因家族可分为 A、B、C、D 4组,分别包含21、10、4、2个基因,同一组内的基因具有相似的基因结构。热胁迫处理后,玉米GATA家族成员中表达上调的基因有9个,包含A组5个(Zm00001d010785、Zm00001d023539、Zm00001d041883、Zm00001d025953、Zm00001d031135),B组2个(Zm00001d011771、Zm00001d034751),C组2个(Zm00001d036494、Zm00001d014656);下调的基因有2个,均属于B组(Zm00001d016361和Zm00001d009193)。说明上调表达的这9个GATA基因在应答热胁迫过程中可能发挥重要作用。