河南农业科学 ›› 2015, Vol. 44 ›› Issue (5): 129-133.

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鸡miR-1749生物信息学分析及真核表达载体构建

王顺红,王善禾,蒋可人,李红,康相涛,孙桂荣*   

  1. 河南农业大学 牧医工程学院,河南 郑州 450002 
  • 收稿日期:2015-01-02 出版日期:2015-05-15 发布日期:2015-05-15
  • 通讯作者: 孙桂荣(1976-),女,河南沈丘人,副教授,博士,主要从事家禽遗传育种研究。E-mail: grsun2000@126.com
  • 作者简介:王顺红(1989-),女,河南浚县人,在读硕士研究生,研究方向:家禽遗传育种。E-mail: wang_shunhong@163.com
  • 基金资助:
     
    国家自然科学基金项目(31201795);53批博士后基金二等资助项目(2013M531675)

  • Received:2015-01-02 Published:2015-05-15 Online:2015-05-15

摘要:  为研究鸡miR-1749功能及其前体rs15860000(C>T)不同基因型对成熟miRNA生成的影响,采用Mfold软件预测C>T突变对miR-1749前体二级结构能值的影响;选用pc DNA3.1-EGFP质粒,构建miR-1749前体不同等位基因的真核表达载体并转染DF1细胞,检测成熟miR-1749的表达;利用Target Scan和miRDB软件预测miR-1749的靶基因,并将靶基因的并集在DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG信号转导通路分析。Mfold预测结果显示,miR-1749前体C>T突变影响其前体二级结构自由能值;成功构建pc DNA3.1-EGFP-pre-miR-1749-C和pc DNA3.1-EGFP-pre-miR-1749-T真核表达载体,转染DF1细胞后,不同基因型重组质粒miR-1749的表达量均显著高于空质粒组(P<0.01),T等位基因成熟miR-1749的表达量显著高于C等位基因(P<0.05)。2个软件预测结果显示,miR-1749靶基因的并集有250个基因,这些基因显著富集于Ras蛋白信号转导调控、GTPase介导信号转导调控、细胞稳态及胚后发育的生物学过程和GnRH、MAPK及细胞黏附分子的信号转导通路。

关键词: 鸡, miR-1749, 真核表达载体, 单核苷酸多态性, 靶基因