河南农业科学 ›› 2021, Vol. 50 ›› Issue (2): 145-150.DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2021.02.018
陈建兴1,2,童家兴1,张孝忠2,张向阳3,王宇鑫4,孙玉江2,5
CHEN Jianxing1,2,TONG Jiaxing1,ZHANG Xiaozhong2,ZHANG Xiangyang3,WANG Yuxin4,SUN Yujiang2,5
摘要: 为研究不同驴品种间的群体分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘山东小毛驴(SDL)重要性状相关的候选基因,基于山东小毛驴和德州驴的三粉类群(DZS)、德州驴的乌头类群(DZW)、广灵驴(GL)以及华北驴(NC)等5个驴群体共计60个个体全基因组重测序数据,利用群体遗传分化系数(Fst)和核苷酸多样性比值(π ratio)方法检测山东小毛驴与其他驴群体间的选择信号,共找到39个落入选择信号区域的候选基因。与DZS群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是Fsip1、AHNAK2、CTAGE2、CYP3A12、LOC106830441;与DZW群体相比,检测出强选择信号候选基因5个,分别是NKG2DL1、KLK1E2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932;与GL群体相比,检测出强选择信号候选基因6个,分别是NKG2DL1、AHNAK2、CTAGE2、FAM170A、LOC106823932、LOC106848008;与NC群体相比,检测出强选择信号候选基因2个,分别是CTAGE2、FAM170A。这些候选基因主要在免疫、生殖、细胞作用等通路中发挥重要的作用,说明山东小毛驴在免疫力和生殖能力等性状上经历了人工选择。
中图分类号: