河南农业科学 ›› 2020, Vol. 49 ›› Issue (7): 133-138.DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.07.018
吕世杰1,2,陈付英1,2,张子敬1,2,王李辉3,张松山4,王二耀1,2,徐照学1,2,施巧婷1,2
LÜ Shijie1,2,CHEN Fuying1,2,ZHANG Zijing1,2,WANG Lihui3,ZHANG Songshan4,WANG Eryao1,2,XU Zhaoxue1,2,SHI Qiaoting1,2
摘要: 为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(π ratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域。在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM>10)的基因优先作为候选基因。结果显示,根据Fst值和π ratio值的99%分位数(Fst>0.390,π ratio>1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合。其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM>1)。CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM>10)。以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因。
中图分类号: