贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用

doi:10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.05.002

河南农业科学 ›› 2020, Vol. 49 ›› Issue (5): 15-30.DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.05.002

贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用

杨帅¹，杨喜翠¹，何方^1，2，李鲁华^1，2，李振华^1，2，任明见^1，2，徐如宏^1，2

（1.贵州大学农学院，贵州贵阳 550025；2.国家小麦改良中心贵州分中心，贵州贵阳 550025）

收稿日期:2019-12-04 出版日期:2020-05-15 发布日期:2020-05-15
通讯作者: 徐如宏（1970-），男，贵州平坝人，教授，主要从事小麦遗传育种与分子生物学研究。E-mail：xrhgz@163.com
作者简介:杨帅（1995-），男，苗族，贵州印江人，在读硕士研究生，研究方向：小麦遗传育种与分子生物学。E-mail：1153600337@qq.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（31660390）；贵州省农业成果转化计划项目（黔科合成果［2016］4022号）；国家“七大农作物育种”重点专项（2017YFD0100900）

Exploration and Application of EST-SSR Markers in Guizimai No.1 Transcriptome

YANG Shuai¹,YANG Xicui¹,HE Fang^1,2,LI Luhua^1,2,LI Zhenhua^1,2,REN Mingjian^1,2,XU Ruhong^1,2

(1.Agricultural College,Guizhou University,Guiyang 550025,China;2.Guizhou Sub-center of National Wheat Improvement Center,Guiyang 550025,China)

Received:2019-12-04 Published:2020-05-15 Online:2020-05-15

摘要/Abstract

摘要： 为了开发新的小麦分子标记，利用前期小麦品种贵紫麦1号的转录组测序结果，对所得序列进行EST-SSR（Expressed sequence tagssimple sequence repeat）标记开发，并对开发的标记进行了染色体定位、多态性筛选。结果表明，在119 572条总Unigenes序列中得到8 749条含SSR位点的EST序列，占7.3%，平均每8.04 kb就会出现1个SSR；EST序列中SSR类型的分布特点为三核苷酸重复类型最多，而五、六核苷酸重复类型出现频次很少,单核苷酸重复以A/T出现频次最多，二核苷酸重复以AG/CT出现频次最多，三核苷酸重复以CCG/CGG出现频次最多;对含SSR位点的EST序列进行引物设计，成功设计出引物的序列有5 503条，占总EST序列的62.9%,从中筛选到341对有效性EST-SSR引物；以中国春为对照，利用16份中国春缺体-四体系材料对341对EST-SSR引物进行染色体定位，共定位153对引物、201个位点，涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体，其中5B染色体定位引物对最多，达23对；筛选出53对多态性EST-SSR引物，对52份小麦材料进行遗传多样性分析发现，其中18对EST-SSR引物可将52份小麦材料一一区分。

关键词: 紫色小麦, EST-SSR, 多态性筛选, 标记开发, 染色体定位, 遗传多样性

Abstract: In order to develop new wheat molecular markers,EST-SSR markers were developed based on the results of transcriptome sequencing of Guizimai No.1.The chromosome location,polymorphism of developed markers were studied.The results showed that 8 749 EST sequences containing SSR loci were obtained from 119 572 total unigenes sequences,accounting for 7.3%,with an average of 1 SSR per 8.04 kb.The distribution characteristic of SSR types in EST sequences was that the trinucleotide repeat was the most,and pentanucleotide and hexanucleotide repeats were less;A/T repeat was the most in the single nucleotide repeats,AG/CT repeat was the most in the dinucleotide repeats,and CCG/CGG repeat was the most in trinucleotide repeats. Primers were successfully designed for 5 503 EST sequences containing SSR loci,accounting for 62. 9% of the total EST sequences; 341 effective EST-SSR primer pairs were screened;341 EST-SSR primer pairs were located using 16 Chinese Spring nulli-tetrasome system materials,and 153 EST-SSR primer pairs were located in 201 loci,involving 16 chromosomes except 3A,5A,3B,4B and 1D,of which primer pairs were the most on 5B chromosome,up to 23 primer pairs; 53 polymorphic EST-SSR primer pairs were screened out, and genetic diversity analysis of 52 wheat germplasms showed that 18 EST-SSR primer pairs could distinguish 52 wheat germplasms one by one.

Key words: Purple wheat, EST-SSR, Polymorphism screening, Marker exploration, Chromosome location, Genetic diversity

中图分类号:

S512

杨帅, 杨喜翠, 何方, 李鲁华, 李振华, 任明见, 徐如宏. 贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用[J]. 河南农业科学, 2020, 49(5): 15-30.

YANG Shuai, YANG Xicui, HE Fang, LI Luhua, LI Zhenhua, REN Mingjian, XU Ruhong. Exploration and Application of EST-SSR Markers in Guizimai No.1 Transcriptome[J]. Journal of Henan Agricultural Sciences, 2020, 49(5): 15-30.

[1]	乔雨轩, 申潇潇, 焦雪辉, 周小娟, 岳长平, 史喜兵. 基于表型性状的观赏桃种质遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2024, 53(2): 108-117.
[2]	王晓洁, 黎美霞, 陶蕾, 张波, 何昕孺, 米佳, 戴国礼, 徐文娣. 48 份黑果枸杞种质主要表型和品质性状的遗传多样性研究[J]. 河南农业科学, 2023, 52(9): 78-90.
[3]	豆丹丹, 孙建军, 郭玉玺, 王德新, 郭新海, 丁超明. 基于DUS 测试性状的黄淮海地区玉米自交系的遗传多样性及群体结构分析[J]. 河南农业科学, 2023, 52(5): 24-32.
[4]	许琳, 张瑞, 王胜, 李金涛, 刘琳玲, 闫梅霞. 基于ITS 和ISSR 的灵芝种质资源遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2023, 52(11): 66-74.
[5]	史辉, 陈美霞, 李萍萍, 叶祖云. 基于ISSR 和RAPD 标记的太子参种质遗传多样性研究[J]. 河南农业科学, 2022, 51(8): 64-73.
[6]	李春鑫, 张永战, 陈国参, 杨铁钢, 张英涛, 李春, 董诚明. 黄淮产区地黄种质遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建[J]. 河南农业科学, 2022, 51(7): 61-74.
[7]	杨丽娟, 付亮, 任星旭, 朱坤, 蒋志凯. 15 份黑、紫色小麦种质资源的遗传差异及籽粒花青素含量[J]. 河南农业科学, 2022, 51(12): 28-36.
[8]	王慧娟, 王二强, 符真珠, 李艳敏, 王晓晖, 王占营, 袁欣, 高杰, 王利民, 张和臣. 芍药不同品种群种质资源表型多样性分析[J]. 河南农业科学, 2022, 51(12): 110-121.
[9]	李琼, 李金花, 常世豪, 杨青春, 舒文涛, 耿臻 . 61 份高油大豆品种（系）指纹图谱构建及遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2021, 50(9): 53-62.
[10]	杨阳, 刘媛媛. 苹果MdLAC 基因家族成员的鉴定与序列分析[J]. 河南农业科学, 2021, 50(7): 125-135.
[11]	张曼, 任佳佳, 王钦, 安朝龙, 吴培云, 谢龙安, 李伟. 基于SSR标记的朝天椒种质遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2020, 49(7): 101-109.
[12]	周遇巧, 郭国业, 周索, 杜戈, 李书林. 基于SCoT标记的猕猴桃种质资源遗传多样性研究[J]. 河南农业科学, 2020, 49(6): 120-126.
[13]	崔筱, 刘芹, 段亚魁, 康源春, 孔维威, 张玉亭, 袁瑞奇, 孔维丽 . 平菇种质资源的遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2020, 49(3): 138-144.
[14]	李静, 田思雨, 毛威涛, 姚国新. 基于SSR分子标记的红安县省沽油遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2020, 49(10): 42-47.
[15]	谭玉文, 饶友生, 刘慧琳, 肖月玲, 徐霞, 陈颖, 朱学农. 江西省3个地方鸡种遗传多样性分析#br#[J]. 河南农业科学, 2020, 49(1): 137-141.

贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用

Exploration and Application of EST-SSR Markers in Guizimai No.1 Transcriptome

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics