不同物种TYRP2 基因完整编码区生物信息学分析

河南农业科学 ›› 2011, Vol. 40 ›› Issue (10): 144-148.

不同物种TYRP2 基因完整编码区生物信息学分析

刘伟兰, 李祥龙^*, 周荣艳, 李兰会, 杨清芳

河北农业大学动物科技学院, 河北保定 071001

收稿日期:2011-04-10 出版日期:2011-10-15 发布日期:2011-10-15
通讯作者: 李祥龙(1963-),男,河北丰南人,教授,博士,博士生导师,主要从事动物遗传育种研究。E-mail:lixianglongcn@yahoo.com
作者简介:刘伟兰(1986-), 女, 河北无极人, 在读硕士研究生, 研究方向:遗传学。E-mail:liuweilan123@126.com

Received:2011-04-10 Published:2011-10-15 Online:2011-10-15

摘要/Abstract

摘要： 应用生物信息学和比较基因组学方法,比较分析了人、毛猩猩、绵羊、牛、猪、马、犬、斑马鱼、大熊猫、小家鼠、褐家鼠、鸭嘴兽、非洲爪蟾、原鸡、绿头鸭、斑胸草雀、黑猩猩、恒河猕猴、狨、灰短尾负鼠和兔21个物种TYRP2基因完整编码区(CDS),并对其遗传多样性、分子系统发育、编码蛋白的氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、二级结构等进行了预测。结果表明,从21个物种的42条基因序列检测到741个多态位点,共生成26种单倍型。物种间TYRP2基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性,物种内该基因序列编码区则存在较强的保守性。TYRP2基因密码子有较强的偏爱性。根据核苷酸歧异度和遗传分化系数对物种的亲缘关系进行分析,结果表明,人与黑猩猩亲缘关系最近,小家鼠和褐家鼠亲缘关系最近。TYRP2基因多肽存在信号肽,有跨膜结构域,表现为疏水性,二级结构的主要组成元件为无规卷曲和α螺旋。

关键词: , TYRP2基因, 遗传多样性, 系统发育, 多肽信息, 动物毛色

刘伟兰, 李祥龙, 周荣艳, 李兰会, 杨清芳. 不同物种TYRP2 基因完整编码区生物信息学分析[J]. 河南农业科学, 2011, 40(10): 144-148.

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