牡丹ARF基因家族鉴定及表达分析

doi:10.15933/j.cnki.1004-3268.2024.11.013

河南农业科学 ›› 2024, Vol. 53 ›› Issue (11): 117-126.DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2024.11.013

牡丹ARF基因家族鉴定及表达分析

赵银鸽^1,2，袁欣¹，高杰¹，王慧娟¹，李艳敏¹，王晓晖³，师曼¹，冯乃曦¹，符真珠¹，贾文庆²

（1.河南省农业科学院园艺研究所，河南郑州 450002；2.河南科技学院园艺园林学院，河南新乡 453003；3.洛阳农林科学院，河南洛阳 471023）

收稿日期:2024-04-02 出版日期:2024-11-15 发布日期:2024-12-18
通讯作者: 符真珠（1982-），女，河南信阳人，副研究员，博士，主要从事观赏植物花色形成及组培快繁相关机理研究。E-mail：pearlgh2005@163.com 贾文庆（1979-），男，河南周口人，教授，博士，主要从事观赏植物栽培生理及生物技术研究。E-mail：jiawq2012@126.com
作者简介:赵银鸽（1998-），女，河南驻马店人，在读硕士研究生，研究方向：园林植物分子生物学。E-mail：2511592201@qq.com
基金资助:
河南省农业科学院杰出青年基金项目（2022JQ03）；河南省农科院创新团队项目（2024TD36）

Identification and Expression Analysis of Auxin Response Factor（ARF）Gene Family in Tree Peony

ZHAO Yinge^1,2，YUAN Xin¹，GAO Jie¹，WANG Huijuan¹，LI Yanmin¹，WANG Xiaohui³，SHI Man¹，FENG Naixi¹，FU Zhenzhu¹，JIA Wenqing²

（1.Institute of Horticulture，Henan Academy of Agricultural Sciences，Zhengzhou 450002，China；2.College of Horticulture and Landscape Architecture，Henan University of Science and Technology，Xinxiang 453003，China；3.Luoyang Academy of Agriculture and Forestry Sciences，Luoyang 471023，China）

Received:2024-04-02 Published:2024-11-15 Online:2024-12-18

摘要/Abstract

摘要： 为研究牡丹生长素响应因子（Auxin response factor，ARF）家族基因，对其基因家族进行鉴定，并对其进行生物信息学分析。结果表明，在牡丹岛锦、凤丹、洛神晓春中共鉴定出19个ARF基因，以拟南芥ARF基因家族进化分类为依据，将牡丹ARF基因家族成员分为4个亚族，根据系统发育树发现，牡丹与拟南芥的ARF同源基因存在密切的进化关系。不同牡丹ARF蛋白长度、等电点存在差异。所有PsARF均含有保守的B3和Auxin_resp 结构域，大部分PsARF 还含有Aux/IAA 结构域。保守基序分析表明，Motif数目为4~12个；基因结构分析显示，牡丹ARF基因内含子数量为1~19个；不同亚族间的Motif和内含子数目有一定的差异。组织表达特性分析显示，除PsARF2b 在各个组织中不表达外，所有PsARF 基因在牡丹组培苗根、茎、叶中均有表达，但在不同组织中的表达量存在很大差异，如PsARF7、PsARF19、PsARF8a、PsARF8b、PsARF6、PsARF11a、PsARF11b、PsARF9、PsARF16b、PsARF17、PsARFx 在根中的表达量最高，PsARF5、PsARF3、PsARF4 在茎中的表达量最高，而PsARF2a、PsARF1、PsARF16a、PsARF10 在叶中的表达量最高。

关键词: 牡丹, ARF基因家族, 生物信息学, 基因表达

Abstract: To study the auxin response factor（ARF）gene family in tree peony，the gene family was identified and bioinformatics analysis was conducted.The results showed that a total of 19 ARF genes were identified in P.sufruticosa‘Shima Nishiki’，P.ostii and P.sufruticosa‘Luoshen Xiaochun’，and the ARF gene family members of tree peony were divided into four subfamilies based on the evolutionary classification of Arabidopsis thaliana ARF gene family，and according to the phylogenetic tree，there was a close evolutionary relationship between peony and Arabidopsis thaliana ARF homologous genes.There were differences in the length and isoelectric point of ARF proteins among different tree peony cultivars.All PsARFs contained conserved B3 and Auxin_resp domains，and most PsARFs also contained Aux/IAA domains.Conserved motif analysis showed that the number of Motif was 4—12，and gene structure analysis showed that the number of introns in the ARF gene of peony was 1—19，and there were some differences in the number of Motif and introns among different subfamilies.Tissue expression characteristics analysis showed that all PsARF genes were expressed in roots，stems and leaves of peony tissue culture seedlings，except that PsARF2b was not expressed in various tissues，but the expression levels in different tissues were very different.The expression levels of PsARF7，PsARF19，PsARF8a，PsARF8b，PsARF6，PsARF11a，PsARF11b，PsARF9，PsARF16b，PsARF17，PsARFx were the highest in roots，PsARF5，PsARF3 and PsARF4 were the highest in stems，and PsARF2a，PsARF1，PsARF16a and PsARF10 were the highest in leaves.

Key words: Peony, ARF gene family, Bioinformatics, Gene expression

中图分类号:

S685.11

赵银鸽, 袁欣, 高杰, 王慧娟, 李艳敏, 王晓晖, 师曼, 冯乃曦, 符真珠, 贾文庆. 牡丹ARF基因家族鉴定及表达分析[J]. 河南农业科学, 2024, 53(11): 117-126.

ZHAO Yinge, YUAN Xin, GAO Jie, WANG Huijuan, LI Yanmin, WANG Xiaohui, SHI Man, FENG Naixi, FU Zhenzhu, JIA Wenqing. Identification and Expression Analysis of Auxin Response Factor（ARF）Gene Family in Tree Peony[J]. Journal of Henan Agricultural Sciences, 2024, 53(11): 117-126.

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牡丹ARF基因家族鉴定及表达分析

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