猪A组轮状病毒HN2019-01株的分离鉴定及VP6基因序列分析

doi:10.15933/j.cnki.1004-3268.2021.06.015

河南农业科学 ›› 2021, Vol. 50 ›› Issue (6): 125-133.DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2021.06.015

猪A组轮状病毒HN2019-01株的分离鉴定及VP6基因序列分析

黄正阳¹，陈宇婧¹，黄克¹，冷超粮^1,2,3，刘阳坤^1,2,3，姚伦广^1,2,3，李娜^1,2,3

1.南阳师范学院生命科学与农业工程学院，河南南阳 473061；2.河南省畜禽保健品工程技术研究中心，河南南阳 473061；3.河南省动物疫病诊断与综合防控工程技术研究中心，河南南阳 473061)

收稿日期:2020-11-26 出版日期:2021-06-15 发布日期:2021-06-15
通讯作者: 李娜（1983-），女，河南南阳人，讲师，博士，主要从事基因工程疫苗与动物疾病诊断研究。E-mail:lina330077@163.com
作者简介:黄正阳（1995-），男，河南南阳人，在读硕士研究生，研究方向：基因工程疫苗与动物疾病诊断。E-mail:15090135771@163.com
基金资助:
国家自然科学基金面上项目（31870917）；国家自然科学基金项目（32002302）；河南省高等学校重点科研项目（18A230011）；河南省科技攻关项目（182102310077）；河南省“疫苗工程”高校科技创新团队项目（20IRTSTHN024)；南阳师范学院高层次人才启动专项（2018ZX011）

Isolation and VP6 Gene Sequence Analysis of Porcine Group A Rotavirus HN2019-01 Strain

HUANG Zhengyang¹,CHEN Yujing¹,HUANG Ke¹,LENG Chaoliang^1,2,3,LIU Yangkun^1,2,3,YAO Lunguang^1,2,3,LI Na^1,2,3

(1.School of Life Science and Agricultural Engineering,Nanyang Normal University,Nanyang 473061,China;2.Henan Provincial Engineering and Technology Center of Health Products for Livestock and Poultry,Nanyang 473061,China;3.Henan Provincial Engineering and Technology Center of Animal Disease Diagnosis and Integrated Control,Nanyang 473061,China)

Received:2020-11-26 Published:2021-06-15 Online:2021-06-15

摘要/Abstract

摘要： 为了解猪轮状病毒（RV）在河南省的流行情况及其分子遗传特征，利用反转录PCR方法，从河南某猪场腹泻样品中扩增得到RV特异性核酸片段，并将腹泻样品利用MA-104细胞进行RV的分离和传代，将分离得到的RV命名为RVA/Pig-wt/HN2019-01。对分离毒株VP6基因片段的序列测定及生物信息学分析结果表明，分离毒株VP6核苷酸序列与猪源毒株西南株-1C（SWU-1C）相似性最高，病毒分类上同属I5亚群。VP6蛋白全长397个氨基酸，存在4个N糖基化位点和18个潜在磷酸化位点，二级结构主要由α-螺旋组成，三级空间结构与牛轮状病毒RF株VP6蛋白高度相似，且在2个细胞毒性T淋巴细胞（CTL）抗原表位区域的氨基酸序列保守。

关键词: 轮状病毒, 组轮状病毒, 病毒分离, VP6基因, 序列分析

Abstract: To investigate the prevalence and molecular genetic characteristics of porcine rotaviruses(RV) in Henan,the positive diarrheal stool samples of RV from a pig farm were examined using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR).A novel strain of RV,RVA/ Pig-wt/ HN2019-01,was isolated and passaged by MA-104 cells.VP6 gene amplification and bioinformatics analysis were performed to further characterize the RV isolated strain at the molecular level.As the result of VP6 gene amplification and sequence analysis,the RVA/ Pig-wt/ HN2019-01 showed the highest nucleotide identity with the previously reported porcine RV SWU-1C strain,which both were clustered to the I5 subgroup.The VP6 protein composed of 397 amino acids in length,possessing 4 N-glycosylation and 18 potential phosphorylation sites. Secondary structure of VP6 protein was found to be mainly alpha helix-based,and the spatial structure was highly similar to the VP6 of bovine rotavirus RF strain.Two cytotoxic T lymphocyte (CTL) epitopes regions of rotavirus VP6 were conserved among different strains.

Key words: Rotavirus(RV), RVA, Virus isolation, VP6 gene, Sequence analysis

中图分类号:

S855.3

黄正阳, 陈宇婧, 黄克, 冷超粮, 刘阳坤, 姚伦广, 李娜. 猪A组轮状病毒HN2019-01株的分离鉴定及VP6基因序列分析[J]. 河南农业科学, 2021, 50(6): 125-133.

HUANG Zhengyang, CHEN Yujing, HUANG Ke, LENG Chaoliang, LIU Yangkun, YAO Lunguang, LI Na. Isolation and VP6 Gene Sequence Analysis of Porcine Group A Rotavirus HN2019-01 Strain[J]. Journal of Henan Agricultural Sciences, 2021, 50(6): 125-133.

[1]	高文, 闫庚洋, 左俊凯, 许乐, 侯蕊利, 景其昌, 任昊. 蜀葵ArbHLH148 基因克隆与表达分析[J]. 河南农业科学, 2023, 52(9): 133-140.
[2]	赵文影, 张云静, 白小飞, 孙玉洁, 郭玲花, 黄柏成, 田克恭. 猪细小病毒BJ2 株的分离鉴定及全基因组序列分析[J]. 河南农业科学, 2023, 52(2): 136-144.
[3]	苏文文, 吴迪, 韩振诚, 李良良, 李苇洁, 任春光. 贵州猕猴桃果实腐烂病病原菌鉴定及分析[J]. 河南农业科学, 2021, 50(3): 97-102.
[4]	崔筱, 刘芹, 段亚魁, 康源春, 孔维威, 张玉亭, 袁瑞奇, 孔维丽 . 平菇种质资源的遗传多样性分析[J]. 河南农业科学, 2020, 49(3): 138-144.
[5]	吴倩倩，许鑫，陈钦玺，阚云超，姚伦广，王新卫，冀君. 3株传染性支气管炎病毒蛋鸡源河南株的S1基因序列分析[J]. 河南农业科学, 2019, 48(6): 123-130.
[6]	唐磊，张弛，秦亚，孙浩杰，张楠，张百惠，蔡亚南，魏战勇. 犬细小病毒河南株的分离鉴定及全基因组序列分析[J]. 河南农业科学, 2019, 48(5): 130-136.
[7]	程楠，项黛徽，沈雅园，付建新，张超. 桂花β-胡萝卜素羟化酶基因的克隆与序列分析[J]. 河南农业科学, 2019, 48(1): 99-104.
[8]	汪磊,赵宝磊,冯华,刘运超,魏蔷,张改平. 猪圆环病毒2型的分离鉴定及其全基因组序列分析[J]. 河南农业科学, 2018, 47(6): 117-121.
[9]	王坤芃，彭志锋，刘盼盼，王继洋，王艳，王川庆，杨霞. 鸭源鸡杆菌flfA基因的克隆及功能区域分析[J]. 河南农业科学, 2018, 47(3): 138-143.
[10]	梁芳,刘瑞霞,张燕,王默霏,崔波,李静. 郑州地区2种菊花病毒CP基因的克隆与序列分析[J]. 河南农业科学, 2018, 47(2): 77-84.
[11]	张丽丽，武怡琼，杨正飞，郭丽，魏佳平，阚云超. 斜纹夜蛾保幼激素环氧水解酶基因的克隆和原核表达[J]. 河南农业科学, 2018, 47(12): 84-89.
[12]	马利刚，赵乐，付小蝶，冯卫生，匡海学，郑晓珂. 独行菜法尼基焦磷酸合酶基因的克隆与原核表达[J]. 河南农业科学, 2017, 46(9): 92-97.
[13]	崔丹丹，王傲杰，王新港，周峰，彭志锋，王川庆. 1株PRRSV类NADC30毒株的分离鉴定及序列分析[J]. 河南农业科学, 2017, 46(9): 132-138.
[14]	焦文强，王治方，王克领，白献晓，郎利敏，李海利，朱文豪，张青娴，徐引弟. 河南省及周边地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查[J]. 河南农业科学, 2017, 46(5): 125-129.
[15]	王林建，郭振华，乔松林，陈鑫鑫，张改平. 河南地区NADC30-like PRRSV毒株的增值特性与遗传进化分析[J]. 河南农业科学, 2017, 46(3): 122-128.

猪A组轮状病毒HN2019-01株的分离鉴定及VP6基因序列分析

Isolation and VP6 Gene Sequence Analysis of Porcine Group A Rotavirus HN2019-01 Strain

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