大肠杆菌免疫蛋白OmpA生物信息学分析及表位多肽疫苗设计

河南农业科学 ›› 2019, Vol. 48 ›› Issue (6): 131-138.

大肠杆菌免疫蛋白OmpA生物信息学分析及表位多肽疫苗设计

伍娜娜^1,2，荣娜^1,2，康超^1,2，刘祥^1,2，陈琛^1,2，陈春琳^1,2，丁锐^1,2，吴三桥^1,2

（1.陕西理工大学生物科学与工程学院/中德天然产物研究所，陕西汉中 723001；2.陕西省天麻山茱萸工程技术研究中心，陕西汉中 723001）

收稿日期:2018-12-21 出版日期:2019-06-15 发布日期:2019-06-15
通讯作者: 刘祥（1983-），男，安徽合肥人，副教授，博士，主要从事蛋白质组学与免疫学研究。E-mail：liuxiang888525@163.com
作者简介:伍娜娜（1994-），女，陕西西安人，在读硕士研究生，研究方向：分子生物学。E-mail：wunana0413@163.com
基金资助:
陕西理工大学人才项目（SLGQD1803）；陕西省教育厅科学研究计划项目（17JK0137）；国家外国专家局项目（GDT20186100426）

Received:2018-12-21 Published:2019-06-15 Online:2019-06-15

摘要/Abstract

摘要： 为进一步提高大肠杆菌外膜蛋白（OmpA）的免疫效果，对大肠杆菌的OmpA进行生物信息学分析并设计其表位多肽重组疫苗。运用DNAMAN 8.0和MEGA 5.0分别对OmpA进行同源性及系统发生分析，通过ExPASy-ProtParam对OmpA的理化性质进行分析，分别采用Signal P 4.1与TMHMM Serverv.2.0对OmpA进行信号肽和跨膜结构预测，应用SOPMA和SWISS-MODEL对OmpA进行二级结构和三级结构预测，通过String进行蛋白质互作网络分析，使用BepiPred 1.0和ABCpred方法预测OmpA的B细胞抗原表位，利用神经网络法与MHC-Ⅱ类分子结合肽在线预测程序预测OmpA的CTL和Th细胞抗原表位，采用DNASTAR.Lasergene.v 7.1拼接获得优势抗原表位。进化关系结果显示，OmpA在肠道菌属间遗传进化关系较近，OmpA抗体可能为不同种肠道细菌的感染提供交叉免疫保护。OmpA为亲水性蛋白质，第1—21位氨基酸为信号肽位置，具跨膜结构。OmpA的二级结构中以无规则卷曲（45.66%）、α-螺旋（31.79%）、β-片层（16.18%）和β-转角（6.36%）为主，其三级结构为桶状结构。OmpA与par、coa蛋白之间存在互作。OmpA可能有4个B细胞抗原表位，1个CTL细胞抗原表位，1个Th细胞抗原表位，且重组获得抗原性较好的OmpA表位多肽。

关键词:

大肠杆菌, OmpA, 表位多肽疫苗, 生物信息学分析

伍娜娜，荣娜，康超，刘祥，陈琛，陈春琳，丁锐，吴三桥. 大肠杆菌免疫蛋白OmpA生物信息学分析及表位多肽疫苗设计[J]. 河南农业科学, 2019, 48(6): 131-138.

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