摘要： 为了比较4个罗氏沼虾抗病选育群体（A、B、C、D）的抗病性能，对4个罗氏沼虾选育群体和1个非选育群体（E）进行了溶藻弧菌肌肉注射感染试验，运用高通量测序方法比较不同罗氏沼虾群体间感染组和对照组肌肉组织中弧菌的变化情况，根据感染成活率的差异性，分析其中3个罗氏沼虾群体（A、C、E）肠道组织和养殖水体的菌群多样性。结果表明：肌肉组织样品中微生物主要分为6个门，其中厚壁菌门占绝对优势，次优势门为变形菌门，软壁菌门和酸杆菌门的含量相对较低；各感染组芽孢杆菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属的含量都高于对照组，而乳球菌属、乳酸杆菌属的含量明显低于对照组；肠道组织和养殖水体中微生物主要分为3个门，分别是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门；基于不同罗氏沼虾群体肌肉组织中不同时间段内溶藻弧菌的含量，5个群体的抗弧菌感染能力分别为A＞B＞E＞D＞C，与感染成活率结果一致。综上，罗氏沼虾体内的菌群结构和养殖水环境密切相关，但相对独立；芽孢杆菌和类芽孢杆菌的含量差异可能是造成A群体和C群体感染成活率差异显著的原因。
