河南农业科学 ›› 2023, Vol. 52 ›› Issue (6): 150-159.DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2023.06.016
许艺兰1,2,文露婷1,黄姻1,陈忠1,覃俊奇1,潘贤辉1,周康奇1,林勇1,邓潜1,武霞1,杜雪松1
XU Yilan1,2,WEN Luting1,HUANG Yin1,CHEN Zhong1,QIN Junqi1,PAN Xianhui1,ZHOU Kangqi1,LIN Yong1,DENG Qian1,WU Xia1,DU Xuesong1
摘要: 为探究全州禾花鲤乌褐色、半透明的经济体色性状,发掘全州禾花鲤的皮肤基因信息,以全州禾花鲤的皮肤组织为研究对象,利用高通量测序技术进行转录组比较分析。结果显示,全州禾花鲤和建鲤(对照)的皮肤组织转录组测序获得37 066 778~58 708 166条clean reads,Q30在94.96%以上,GC碱基比例在51.00%左右;发现新基因10 537个,检测出单核苷酸多态性(SNP)位点1 278 906个、插入缺失(InDel)位点80 238个。筛选显著差异基因11 717个,其中上调基因5 133个,下调基因6 584个。GO注释到56个二级分类,显著富集的GO条目127个,主要集中在生物学过程和细胞组分;KEGG分析获得显著富集通路60 个;网络分析结果显示,以代谢途径(Metabolic pathways)、p53 信号通路(p53 signaling pathway)和细胞周期(Cell cycle)通路作为网络核心,与众多KEGG通路关联且相对独立。
中图分类号: