河南农业科学 ›› 2018, Vol. 47 ›› Issue (10): 38-44,63.

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鹰嘴豆NF-Y基因家族的全基因组序列鉴定及生物信息学分析

滕 露,倪志勇,于月华*   

  1. (新疆农业大学 农学院,新疆 乌鲁木齐 830052)
  • 收稿日期:2018-04-25 出版日期:2018-10-15 发布日期:2018-10-15
  • 通讯作者: 于月华(1981-),女,新疆精河人,高级实验师,博士,主要从事植物分子生物学研究。E-mail:yuyuehua1213@sina.com
  • 作者简介:滕 露(1995-),女,四川广安人,在读硕士研究生,研究方向:植物分子生物学。E-mail:894546653@qq.com
  • 基金资助:
    新疆维吾尔自治区自然科学基金面上项目(2016D01A043)

  • Received:2018-04-25 Published:2018-10-15 Online:2018-10-15

摘要: 为了揭示鹰嘴豆NF-Y基因家族的功能,从鹰嘴豆全基因组中鉴定NF-Y基因,并利用生物信息学分析软件对其进行系统发育进化、染色体定位、基因结构、保守结构域以及microRNA的靶位点预测分析。结果表明,共鉴定出41个鹰嘴豆NF-Y基因家族成员,在进化上分为3个亚家族:CarNF-YA(8个)、CarNF-YB(22个)和CarNF-YC(11个);这些基因分布于7条(Ca1—Ca7)染色体上,另外还有3条序列未定位到染色体上。鹰嘴豆NF-Y家族基因序列大部分都含有1~5个内含子和1~6个外显子,少数序列如CarNF-YB9CarNF-YC6等仅含有外显子结构;编码的蛋白质中共发现3个保守基序(Motif1、Motif2和Motif3),其中Motif1、Motif2在CarNF-YB和CarNF-YC亚家族中均有分布,而Motif3仅分布在CarNF-YA亚家族中。鹰嘴豆和拟南芥NF-Y蛋白家族成员系统进化树表明,Car/AtNF-YA可以分成6类,分别由6、1、3、3、1、4种蛋白质组成;Car/AtNF-YB可以分成4类,分别由21、8、2、4种蛋白质组成;Car/AtNF-YC亚基可以分成3类,分别由17、4、4个蛋白质组成。对鹰嘴豆NF-Y基因家族成员的miRNA169靶位点预测发现,41个成员中仅有CarNF-YA亚家族中的6个成员受到miRNA169调控。

关键词: 鹰嘴豆, NF-Y基因家族, 全基因组鉴定, 进化分析