河南农业科学 ›› 2013, Vol. 42 ›› Issue (8): 67-70.

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黄瓜绿斑驳花叶病毒抗原表位预测

杨洪一1,孙立娜1,张杰1,2*,任静1,2   

  1. 1.东北农业大学,黑龙江 哈尔滨 150030;2.东北林业大学 生命科学院,黑龙江 哈尔滨 150040
  • 收稿日期:2012-12-26 出版日期:2013-08-15 发布日期:2013-08-15
  • 通讯作者: 张杰(1972-),女,黑龙江哈尔滨人,博士,主要从事微生物学研究。
  • 作者简介:杨洪一(1978-),男,吉林九台人,副教授,博士,主要从事植物病理学研究。E-mail:yhyi1@sohu.com
  • 基金资助:
    黑龙江省教育厅科研项目(11541033)

  • Received:2012-12-26 Published:2013-08-15 Online:2013-08-15

摘要: 探索通过生物信息学方法预测黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的抗原表位,为基于抗原表位策略制备CGMMV抗血清打下基础。利用MEGA软件中的邻近算法对CGMMV进行系统进化分析,结果显示,不同CGMMV分离物可分为2个类群,不同分离物间未见明显的寄主相关性和地理相关性。应用不同生物信息学软件对CGMMV外壳蛋白不同区域的抗原指数、蛋白二级结构进行分析,结合外壳蛋白三级结构预测结果综合分析,CGMMV外壳蛋白抗原表位区可能位于N端3-15、80-90、90-100位氨基酸残基附近。 

关键词: 黄瓜绿斑驳花叶病毒, 抗原表位, 系统进化分析, 蛋白结构