河南农业科学 ›› 2011, Vol. 40 ›› Issue (3): 92-95.

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不同昆虫泛素延伸蛋白基因的生物信息学分析

强承魁1,王胜永1, 凤舞剑1,于玲雅2, 秦越华1*
  

  1. 1.徐州生物工程职业技术学院农林工程系, 江苏 徐州 221006;2.山东省植物保护总站, 山东 济南 250100
  • 收稿日期:2010-11-26 出版日期:2011-03-15 发布日期:2011-03-15
  • 通讯作者: 秦越华(1965-),男,江苏南通人,副教授,硕士,主要从事现代农业生物技术研究。E-mail:xyzx201010@126.com
  • 作者简介:强承魁(1978-),男,安徽繁昌人,副研究员,博士,主要从事生物信息学研究。E-mail:xzqck@yahoo.com.cn
  • 基金资助:
    徐州生物工程职业技术学院院级科研课题(2010B07)

  • Received:2010-11-26 Published:2011-03-15 Online:2011-03-15

摘要: 采用生物信息学方法系统分析了甜菜夜蛾、菜粉蝶、烟夜蛾和黑腹果蝇泛素延伸蛋白(UBE)基因序列的遗传多样性、分子进化及其编码氨基酸序列的结构功能域和基序特点。结果显示,4种昆虫UBE基因序列的同源性较高(81.8%~99.7%),且遗传距离较近(0.003~0.199),均编码ubiquitin/L40 UBE。共检出81个多态位点,生成4个单倍型,单倍型多样性(Hd=1.000)、平均核苷酸差异数(K=45.883)、核苷酸多样性(Pi=0.112 97)、同义替换核苷酸多样性均值(Pi(s)=0.415 01)、非同义替换核苷酸多样性均值(Pi(a)=0.024 89)、密码子有效值(ENC=38.070~53.458<61)、偏爱指标(CBI=0.437~0.729>0)和χ2检验计算值(χ2=0.454~0.960)表明这4种昆虫UBE基因的遗传多样性较丰富且呈现较强的密码子偏爱性。4条氨基酸序列均含泛素同系物结构域和Ribosomal/L 40结构域各1个,未见信号肽和跨膜结构域;共含14条基序,其中Se-UBE和Dm-UBE基因编码的氨基酸序列各具1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和2个蛋白激酶C磷酸化位点,Pr-UBE和Ha-UBE基因编码的序列则各含2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和2个蛋白激酶C磷酸化位点。研究结果为进一步开展UBE基因分子进化机制、表达特性及昆虫病毒侵染关系等方面的研究提供基础信息。

关键词: 泛素延伸蛋白, 甜菜夜蛾, 菜粉蝶, 烟夜蛾, 黑腹果蝇, 生物信息学