摘要： 以谷子和玉米为研究对象，基于比较基因组学 利用改进的基因同源共线性方法对其基因组结构和基因同源信息进行比对分析，确定了物种基因组加倍的规模和加倍后的进化规律。结果表明：谷子中有3 846对（10.9%）、玉米中有6 016对（18.5%）由多倍化产生的重复基因，它们之间的直系同源基因对为13 652对；通过同源共线基因间的同义核苷酸置换率分析证实，玉米与谷子不仅共同经历了一次古老的全基因组加倍，而且在约12个百万年前玉米独立发生了一次较近的全基
因组加倍；加倍后产生的大量重复基因片段常分布在染色体末端；基因组进化分析发现，玉米基因组进化速率比谷子快1/14。

关键词: 谷子, 玉米, 多倍化, 重复基因, 基因共线性