为控制烟草黑胫病的发生，研究了健康烟田与易感病烟田烟株生长过程中根际土壤微生物区系的变化。通过对根际土壤中可培养微生物数量的检测和土壤宏基因组测序，分析烟田根际土壤在烟株生长过程中微生物数量、群落结构及其多样性的变化。结果表明，在烟株生长过程中根际土壤可培养微生物数量先增加后减少，旺长期达到最大值，且健康烟田根际土壤中可培养细菌和放线菌数量大于易感病烟田，成熟期易感病烟田中可培养真菌数量显著高于健康烟田。土壤宏基因组测序结果表明，在烟株整个生长过程中微生物多样性逐渐降低，且健康烟田细菌多样性大于易感病烟田，成熟期健康与易感病烟田根际土壤微生物群落结构差异性较大，易感病烟田根际土壤中病原菌丰度随烟株生长迅速增加，成熟期病原菌占60.43%，发病率为60%，健康烟田根际土壤病原菌丰度仅为0.32%，发病率为0.4%。由此可以看出，土壤微生物群落结构改变、多样性降低、病原菌增加，是造成烟草黑胫病发生的主要原因。
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