河南农业科学 ›› 2013, Vol. 42 ›› Issue (1): 114-117.

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繁殖基因(ESR、LH、LHR、PRLR)编码区生物信息学分析

张宇,李祥龙*,周荣燕,李兰会,王志刚   

  1. 河北农业大学 动物科技学院,河北 保定 071000
  • 收稿日期:2012-07-30 出版日期:2013-01-15 发布日期:2013-01-15
  • 通讯作者: 李祥龙(1963-),男,河北滦南人,教授,博士,博士生导师,主要从事动物遗传育种研究。E-mail:lixianglongcn@yahoo.com
  • 作者简介:张宇(1986-),女,河北唐山人,在读硕士研究生,研究方向:动物繁殖调控。E-mail:miya-1104@163.com

  • Received:2012-07-30 Published:2013-01-15 Online:2013-01-15

摘要:  为了研究各物种ESR、LH、LHR、PRLR基因进化的特点,从GenBank下载了人、毛猩猩、黑猩猩、猕猴、欧洲兔、野猪、黄牛、大熊猫、小家鼠、仓鼠、褐家鼠11个物种的139条编码区序列(CDS),采用生物信息学方法对4种基因进行分析。结果表明,4种基因均存在较丰富的遗传多样性。其中ESR基因单位长度多态位点数为0.330 7,单位长度突变位点数为0.399 8,核苷酸多样性最低,同义替换率相对最高,平均遗传距离最小。LH基因单位长度多态位点数(0.484 8)与单位长度总突变位点(0.618 3)均最高,核苷酸多样性和非同义替换率相对最高。依据4种基因遗传距离构建的聚类图的拓扑结构存在差异,说明4种繁殖基因进化速率存在差异,ESR基因进化速率相对较慢,LH基因相对较快。 

关键词: ESR, LH, LHR, PRLR, 生物信息学