甘草NRAMP基因家族的鉴定和生物信息学分析

河南农业科学 ›› 2019, Vol. 48 ›› Issue (2): 40-47.

甘草NRAMP基因家族的鉴定和生物信息学分析

卢婷婷^1,2，李艳玲¹，李存法¹，李利红¹

（1.河南牧业经济学院制药工程学院，河南郑州 450046; 2.河南大学植物逆境重点实验室，河南开封 475004）

收稿日期:2018-08-28 出版日期:2019-02-15 发布日期:2019-02-15
通讯作者: 李利红（1972-），女，河南焦作人，教授，博士，主要从事药用植物有效成分的提取与利用研究。 E-mail:liyiting_ll@163.com
作者简介:卢婷婷（1981-），女，河南鹤壁人，讲师，硕士，主要从事生药学研究。E-mail:lutingting@hnuahe.edu.cn
基金资助:
河南省科技攻关项目（162102110033）；河南牧业经济学院重点学科项目（41000003）；河南牧业经济学院骨干教师项目（84000063）; 河南牧业经济学院科研创新团队项目（2018KYTD18）

Received:2018-08-28 Published:2019-02-15 Online:2019-02-15

摘要/Abstract

摘要： 为研究甘草自然抗性相关巨噬细胞蛋白（NRAMP）家族成员的结构和功能，利用生物信息学方法，从甘草全基因组数据库中筛选并鉴定甘草NRAMP家族基因序列，并对该家族成员做进化分析、基因结构分析、保守结构域和保守基序分析、二级结构和三维结构分析。结果显示，从甘草基因组中共鉴定出11个NRAMP基因家族成员，通过进化分析发现，亲缘关系近的NRAMP家族成员基因结构和保守基序都更为相似，甘草和大豆的NRAMP家族成员间亲缘关系更接近。甘草大部分NRAMP家族成员的氨基酸数量差异不大，介于300~549个，且亚细胞定位在细胞膜上，而2个分子质量较大的成员GurNRAMP7和GurNRAMP8亚细胞定位在叶绿体上，各个成员的跨膜结构数量不尽相同。各个基因在染色体上的分布较为分散，只有NRAMP9、NRAMP10、NRAMP11定位在同一条染色体上。α-螺旋是甘草NRAMP家族成员中最主要的二级结构，但各个成员含有的α-螺旋数量不完全一样。

卢婷婷，李艳玲，李存法，李利红. 甘草NRAMP基因家族的鉴定和生物信息学分析[J]. 河南农业科学, 2019, 48(2): 40-47.

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