河南农业科学 ›› 2015, Vol. 44 ›› Issue (12): 121-125.

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山羊TRPM1基因CDS区生物信息学分析

 

李丽莎1,李祥龙1,2*,毛艳朋1,吕彦英3,郭伟婷3
  

  1. 1.河北农业大学,河北 保定 071000; 2.河北科技师范学院,河北 秦皇岛 066004; 3.石家庄畜牧水产局,河北 石家庄 050000
  • 收稿日期:2015-07-27 出版日期:2015-12-15 发布日期:2015-12-15
  • 通讯作者: 李祥龙(1963-),男,河北丰南人,教授,博士,主要从事动物遗传育种研究。E-mail:lixianglongcn@yahoo.com
  • 作者简介:李丽莎(1989-),女,河北唐山人,在读硕士研究生,研究方向:动物遗传育种。E-mail:15131276262@163.com
  • 基金资助:
    河北省高校创新团队领军人才培育计划项目(LJRC004);河北省应用基础研究计划重点基础研究项目(15962901D);河北省科技计划项目(15226302D);河北省现代农业产业技术体系蛋鸡产业创新团队项目

  • Received:2015-07-27 Published:2015-12-15 Online:2015-12-15

摘要: 基于GenBank数据库中山羊TRPM1基因CDS区序列,使用SingnalP、TMHMM、PredictProtein、SWISS-MODEL、ProtFun、PSORT等在线程序和DNAStar Lascrgene软件包预测TRPM1基因编码蛋白的结构和功能等,通过Clustal W进行序列比对,利用PHYML的最大似然法构建系统发育树,为该基因功能研究提供理论依据。结果表明,山羊TRPM1基因CDS区共编码1 634个氨基酸,无信号肽,含有6个跨膜区和较多的亲水区、柔韧区,抗原指数较高的区域与亲水区域的分布较为一致。二级结构以α螺旋和无规卷曲为主,大部分的氨基酸位点较为保守,可变区主要分布在近羧基端区。TRPM1蛋白主要在质膜中发挥运输和结合的作用,同时还作为运载体在细胞内发挥其生物学作用。系统进化情况和动物分类学基本一致,山羊和绵羊的亲缘关系最近。

关键词: TRPM1, 山羊, 生物信息学, 黑色素细胞