河南农业科学 ›› 2014, Vol. 43 ›› Issue (2): 19-23.

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玉米亚基因组中代谢基因的分化研究

 张 宪1,王金朋2,雷天宇1,金殿川1,2*   

  1. 1. 河北联合大学 理学院,河北 唐山 063009;2. 河北联合大学 生命科学学院,河北 唐山 063009
  • 收稿日期:2013-09-13 出版日期:2014-02-15 发布日期:2014-02-15
  • 通讯作者: 金殿川(1970-),男,河北唐山人,副教授,硕士,主要从事生物信息学研究。E-mail:jindianchuan@aliyun.com
  • 作者简介:张宪(1987-),女,河北省晋州人,在读硕士研究生,研究方向:应用数理统计。E-mail:heuuzx2867@gmail.com
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(31100913);河北联合大学青年自然科学基因项目(201230)

  • Received:2013-09-13 Published:2014-02-15 Online:2014-02-15

摘要: 为了确定玉米代谢通路中2个亚基因组基因的分化情况,对玉米和高粱进行了共线性分析,确定了玉米的2个亚基因组Maize1和Maize2基因组成,统计了玉米所有407个代谢通路中的亚基因组基因保留情况,并对它们的基因长度进行了双样本均值分析(Z-检验)和通路中2个亚基因组基因保留情况进行χ2检验。结果表明,Maize1、Maize2的基因长度没有显著的差异;基因保留具有显著差异的通路大约占总代谢通路的4.4%,作为亚基因组,Maize2在全局上受到更大基因丢失的影响,有更多的DNA丢失,而Maize1相对保留了更多的代谢基因,拥有更大的表达量。 

关键词: 玉米, 亚基因组, 代谢通路, 基因丢失, 分化