河南农业科学 ›› 2012, Vol. 41 ›› Issue (4): 38-44.

• 作物栽培 遗传育种 • 上一篇    下一篇

拟南芥核苷二磷酸激酶基因家族的生物信息学比较与分析

孙小洁,王增兰*   

  1. 山东师范大学 山东省逆境植物研究重点实验室,山东 济南 250014
  • 收稿日期:2011-10-31 出版日期:2012-04-15 发布日期:2012-04-15
  • 通讯作者: 王增兰(1965-),女,山东五莲人,教授,主要从事植物耐盐分子生物学研究。E-mail:wangzenglan666@yahoo.cn
  • 作者简介:孙小洁(1987-),女,山东淄博人,在读硕士研究生,研究方向:植物抗逆与分子生物学。E-mail:xiaojie7378@163.com
  • 基金资助:
    山东省自然科学基金项目(ZR2010CM036)

  • Received:2011-10-31 Published:2012-04-15 Online:2012-04-15

摘要:  为研究拟南芥核苷二磷酸激酶家族(AtNDPKs)5个成员之间的差异,对其在蛋白质结构、磷酸化位点、信号肽序列、功能区方面的差异进行了生物信息学的比较分析,并建立了系统进化树。结果显示,5个成员在等电点、吸光值和亲水性方面的差异明显。二级结构中,AtNDPK2的α螺旋比例与其他成员差异显著;在β转角和无规则卷曲方面,AtNDPK1a与AtNDPK3a表现出相反的情况。5个成员各含有1个NDK结构域,但分布位置不同。AtNDPK3a中酪氨酸磷酸化明显增多,AtNDPK1a的磷酸化位点与其他成员差异显著。AtNDPK1和AtNDPK2的信号肽裂解点位于第16和17位氨基酸之间,AtNDPK3和AtNDPK3a的位于第42和43位之间,而AtNDPK1a的位于第24和25位之间。AtNDPK1a的进化地位高于其他成员,AtNDPK3与AtNDPK3a的亲缘关系最近,而AtNDPK1与其他成员的亲缘关系较远。 

关键词: 拟南芥, 生物信息学, 核苷二磷酸激酶家族, 序列分析, 系统分析