基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定

河南农业科学 ›› 2018, Vol. 47 ›› Issue (4): 38-42.

基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定

徐文¹,安素妨¹,王艳¹,贾琳琳¹,鲁丹丹¹,张莹莹¹,刘建丰²,李保全^1*

1.河南省农业科学院作物设计中心，河南郑州 450002; 2.河南省农业科学院农业经济与信息研究所，河南郑州 450002

收稿日期:2018-01-21 出版日期:2018-04-15 发布日期:2018-04-15
通讯作者: 李保全（1963-），男，河南济源人，研究员，硕士，主要从事作物分子遗传育种和农业科技管理。E-mail:lbq308@126.com
作者简介:徐文（1986-），男，河南息县人，助理研究员，博士，主要从事生物信息学和分子育种研究。E-mail:xuwenss@126.com
基金资助:
河南省基础与前沿技术研究计划项目（162300410153）

Received:2018-01-21 Published:2018-04-15 Online:2018-04-15

摘要/Abstract

摘要： 为了鉴定甘蓝型油菜基因组中新的未知转录本，以甘蓝型油菜叶片为材料提取总RNA，构建cDNA文库并使用Illumina 双端测序Hiseq 2500平台进行测序。用生物信息学的方法分析高质量的测序reads来鉴定新的未知转录本。结果表明,在甘蓝型油菜基因组已知基因的间隔区共鉴定到7 720个候选新转录本，通过RT-PCR和克隆测序验证了15个新鉴定的转录本。

徐文,安素妨,王艳,贾琳琳,鲁丹丹,张莹莹,刘建丰,李保全. 基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定[J]. 河南农业科学, 2018, 47(4): 38-42.

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