河南农业科学

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铁皮石斛不同部位内生细菌群落高通量分析

  

  1. (1. 昆明学院 农学院,云南 昆明 650214;2. 中国科学院 昆明动物研究所,云南 昆明 650223;3. 云南农业大学 植物保护学院,云南 昆明 650201;4. 宣威市阿都乡农业综合服务中心,云南 宣威 655425;5. 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室,云南 昆明 650214)
  • 收稿日期:2016-12-27 出版日期:2017-11-15 发布日期:2017-11-15
  • 通讯作者: 李 冰(1973-),女,辽宁沈阳人,高级工程师,硕士,主要从事非临床药物安全性评价工作。
  • 作者简介:陈泽斌(1985-),男,云南昆明人,副教授,博士,主要从事环境微生物的教学及科研工作。
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(31460491);云南省科技厅基础研究项目(2013FD040);云南省教育厅科学研究项目(No. 2014Y390);昆明学院大学生科研项目(XJD16081);昆明学院“人才引进项目”(YJL14005);云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室开放基金项目(GXKJ201621);云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311)

  • Received:2016-12-27 Published:2017-11-15 Online:2017-11-15

摘要: 为揭示铁皮石斛不同器官中内生细菌的分布规律,应用Illumina测序平台的MeSiq高通量测序仪对铁皮石斛根、茎、叶中内生细菌的16S rDNA-V4区扩增子进行测序,对测得数据进行生物信息学分析,评价物种Alpha多样性和Beta多样性。经FLASH软件对序列进行拼接,茎、叶、根样品分别获得64 851、77 499、52 157条原始序列,经Qiime软件过滤,再剔除宿主的叶绿体和线粒体序列,最终分别得到64 742、77 351、52 064条有效序列,在97%的序列相似性水平上,这些有效序列被Uparse软件划分为61、134、112个操作分类单元(OTUs)。序列比对结果表明,假单胞菌属(Pseudomonas)和食酸菌属(Acidovorax)细菌在根、茎、叶中都是优势菌,瘤胃球菌属(Ruminococcus)、Faecalibacterium属、甲基杆菌属(Methylobacterium)、希瓦氏菌属(Shewanella)细菌表现出组织专一性,丰度聚类分析及主成分分析表明,根和叶中内生细菌群落结构最为相似。铁皮石斛植株内蕴含丰富的细菌资源,其分布受组织结构及成分因素影响表现出器官差异性。

关键词: 铁皮石斛, 内生细菌, 多样性, 高通量分析